So zahlreich wie die existierenden Gruppen und Forscher, so zahlreich sind die jeweils vertretenen Meinungen und Hypothesen zu den Ufos i.e.S. Dabei geht eine Mehrzahl der UFO-Forscher von der Existenz eines, wie auch immer gearteten Phänomens aus, zumal es unzweifelhaft ist, dass es immer wieder Menschen gibt, die Phänomene am Himmel sehen, welche sie sich persönlich nicht erklären können. In diesem Sinne ist die Existenz von UFOs ein völlig unstreitiges Faktum, zumal es auch ungeklärte Sichtungen nach bereits durchgeführten Untersuchungen gibt, die sich zumindest dem Anschein nach einer herkömmlichen Erklärung entziehen.

Die Ansichten über die Natur des Phänomens und die Beurteilung ungeklärter Sichtungen weichen jedoch stark voneinander ab, da das Phänomen sehr viele Facetten hat, sowohl eine (subjektbezogene) sozio-psychologische als auch eine (objektbezogene) naturwissenschaftliche. So gibt es kritische Untersucher, die lediglich von einem sozio-psychologischem bzw. wahrnehmungsbedingten Phänomen ausgehen. Zwar können auch diese Untersucher nicht alle Sichtungen erklären, sehen aber den geringen Prozentsatz (< 10%) entweder als statistisches Rauschen oder gehen von einer prinzipiellen Unmöglichkeit aus, jedwede gemeldete Sichtung zuverlässig aufzuklären. Sei es aufgrund der Unzuverlässigkeit menschlicher Wahrnehmung und Erinnerung, fehlender Informationen zum Sichtungsablauf oder mangelnder Kenntnis aller möglichen Erscheinungsweisen herkömmlicher Phänomene.

Andere Untersucher gehen von einer starken Indizienlage für eine neuartige (Luftraum-)Anomalie aus und betonen die physikalische Realität des Phänomens. Oft werden hier auch exotische Hypothesen favorisiert. Wieder Andere legen sich nicht fest oder halten mehrere Hypothesen bzw. eine Kombination für möglich. Daneben gibt es ufologische Strömungen, die von einer ständigen Präsenz und Einmischung außerirdischer Intelligenzen, oft gepaart mit Verschwörungstheorien bzgl. involvierter irdischer Regierungen, ausgehen. Dies geht bis hin zu esoterisch/religiösen Einstellungen.

Grundsätzlich lassen sich drei Blöcke an Hypothesen bilden, die Ihrerseits unterschiedliche Ausprägungen haben:

• Manifestationen (i.d.R. künstliche Flugkörper) einer fremden Intelligenz
• Unbekanntes bzw. anomales atmosphärisches/physikalisches (Natur-)Phänomen
• Sozio-psychologisches bzw. Wahrnehmungsphänomen

Gängige Hypothesen, die den Einfluss einer fremden Intelligenz annehmen:

• ET-Hypothese: Die Hypothese über den Besuch von Außerirdischen. Sicher die populärste und verbreitetste Hypothese, mit mehreren Ausprägungen und Schwerpunkten: Seien es "einfache" Besuche, Entführungen, medizinische oder Gen-Experimente. Auch Tierverstümmelungen und Kornkreise werden gelegentlich damit in Verbindung gebracht. Begründet wird diese Hypothese mit einer "physikalischen Realität" des Phänomens und insbesondere anhand erheblicher anomaler Merkmale, wie bspw. Wechselwirkungen mit der Umwelt oder instrumentellen Aufzeichnungen, die herkömmliche Erklärungen ausschließen sollen. Varianten dieser Hypothese sind die (mehrdimensionale) Projektionstheorie und die Parallele-Universen-Theorie.
• Zeitreise-Theorie: Die Hypothese über Besucher aus der (eigenen) Zukunft. Bekanntester Vertreter dieser Theorie ist der Autor Ernst Meckelburg.
• Wesen aus dem Erdinnern: Eine Variante der Hohlweltheorie, alternativ auch ehemalige Bewohner von Atlantis.
• Manifestationen von Geistern/Dämonen: Vorwiegend in esoterischen (Geistwesen) oder fundamental-religiös orientierten bzw. sehr gläubigen Kreisen oder Sekten jedweder Konfession (Dämonische Wesen) thematisiert. Eine typische Argumentation im Zusammenhang mit Geistwesen sind die so genannten "Orbs", die auf diversen Fotografien zu sehen, allerdings auch als rein fotografisches Phänomen bekannt sind. Nach religiösen Vorstellungen seien die Ufos böse (dämonische) Kräfte, die die Menschen verführen sollen.
• Irdische Geheimwaffen: Zwei Varianten sind hier anzutreffen. Zum Einen, dass die Großmächte außerirdische Technologie für eigene Entwicklungen testen, zum anderen, dass dies Weiterentwicklungen ehemaliger reichsdeutscher Geheimwaffen ("Flugkreisel") seien.

Hypothesen, die ein anomales atmosphärisches Phänomen annehmen und bevorzugt auf den UAP-Begriff referenzieren:

• Unbekanntes atmosphärisches/Naturphänomen: Kann mit den Leuchtphänomenen in der Atmosphäre und auch meteorologischen Phänomenen verglichen werden.
• Plasmaphänomen: Neuartiges anomales physikalisches Phänomen, verwandt mit dem Kugelblitzphänomen, das teilweise auch als Plasmaphänomen beschrieben wird. Das im Englischen als "Ball-Lightning" bezeichnete Phänomen entspricht dem Kugelblitzphänomen.
• Erdlicht-Phänomen: Erdlichter sind zuerst ein eigenständiges Gebiet, jenseits der Anomalistik. In der UFO-Forschung werden im Rahmen dieser Theorie zumindest einige Sichtungen als  "anomales Leuchtphänomen" und Ausprägung des Erdlichtphänomens betrachtet, das zudem auch physikalische Wechselwirkungen mit der Umgebung aufweisen kann. Ebenso fallen darunter mögliche geologisch verursachte Leuchtphänomene, wie in der "Tectonical Strain Theory" von Persinger formuliert. Ein mögliches Beispiel für ein derartiges Phänomen könnten die Hessdalen-Lichter sein.

Hypothesen, die die Ursache in der menschlichen Natur (kognitive Prozesse) und Kultur annehmen:

• Composite and Reductionist Theory (CRT): Ein reduktionistischer Ansatz, der auch augenscheinlich ungeklärte Sichtungen auf eine Mischung verschiedenster alltäglicher Stimuli und kognitiver Mechanismen zurückführt, aufgrund derer im Ergebnis Schilderungen exotisch anmutender Phänomene entstehen können. Diese Hypothese geht davon aus, dass es aufgrund wahrnehmungspsychologischer und kognitiver Vorgänge immer ungeklärte Sichtungen bzw. Erzählungen über solche Sichtungen geben wird und sich nie alle gemeldeten Sichtungen aufklären lassen. Auch soll demnach ein Untersucher nie in der Lage sein, alle denkbaren Erscheinungsweisen herkömmlicher Phänomene, geschweige denn psychologische Ursachen zu erkennen und auszuschließen. Auch hohe Strangeness-Faktoren bzw. anomale Merkmale in einem Bericht unterliegen demnach der subjektiven Interpretation ("Schein-Strangeness"). Exotische Hypothesen seien deshalb nicht zwingend erforderlich.

• Sozio-psychologische und kulturelle Theorie: Ist eng verwandt mit der obigen CRT, erweitert die Sicht aber auf gesellschaftliche Entwicklungen und Einflüsse, ebenso wie historische, kulturelle Entwicklungen, die viele Stereotype und Klischees hervorgebracht haben, die sich im Gedächtnis mit der Wahrnehmung vermischen. Ebenso werden hier mediale Einflüsse thematisiert, die auch für Sichtungswellen mit verantwortlich gemacht werden.
  Im Kern basieren beide Theorien auf der These, dass UFOs und IFOs letztlich von derselben Natur sind und sich nur graduell unterscheiden und unterschiedlich wahrgenommen und beschrieben werden.
  

Diese Aufzählung von Hypothesen ist sicher nicht vollständig, soll aber auch nur einen repräsentativen Abriss gängiger Hypothesen darstellen.

Wie oben erwähnt, gehen manche Forscher auch von einer multiplen Hypothesenkonstruktion aus, also dass nicht nur eine Hypothese, sondern mehrere Hypothesen parallel für den Sichtungspool ungeklärter Sichtungen greifen. Dafür spricht die teils unterschiedliche Erscheinungsweise und Vielfalt der beobachteten und beschriebenen Phänomene. Skeptiker sehen in den unterschiedlichen Erscheinungsweisen auch eine Begründung für die Composite and Reductionist Theory.